Di Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, ada tiga jurusan, yaitu Manajemen Sumber Daya Perairan, Akuakultur dan Teknologi Hasil Perikanan. Universitas Borneo Tarakan menaruh perhatian yang sangat besar terhadap aspek sumber daya laut tropis. Prospek karier dari lulusan ini, di antaranya wirausaha, tenaga pendidik, dan lain-lain.
Sarjana (S1)