Universitas Borneo Tarakan didirikan oleh Yayasan Pinekindi pada tanggal 09 Oktober 1999 dan ditetapkan pada tanggal 30 Maret 2000 berdasarkan Surat Keputusan Yayasan Pinekindi Nomor : 011/YP/TRK/III/2000.
Universitas Borneo Tarakan secara resmi mulai menyelenggarakan proses pendidikan pada tanggal 06 Juni 2001, sesuai dengan Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional No. 37/D/O/2001.
Universitas Borneo Tarakan diubah statusnya menjadi Perguruan Tinggi Negeri oleh Peraturan Presiden Republik Indonesia Nomor 19 yang dituangkan ke dalam Peraturan Presiden Republik Indonesia Nomor 65 Tahun 2010 Tentang Pendirian Universitas Bangka Belitung, Universitas Borneo Tarakan, dan Universitas Musamus yang ditetapkan di Jakarta pada tangal 19 November 2010 yang berkedudukan di Kota Tarakan, Kalimantan Utara, dimana Kampus Utama Universitas Borneo Tarakan berada dibagian timur kota Tarakan, yaitu di tepi Pantai Amal yang terletak di Jalan Amal Lama Nomor 1 Kota Tarakan.
Universitas Borneo Tarakan berusia 17 Tahun, dalam kurun waktu tersebut telah mengalami empat kali pergantian pemimpin yaitu :
| Periode 2000 – 2004 | : | Prof. Dr. Kadar Soetrisno,M.Agr (Alm) |
| Periode 2004 – 2013 | : | Abdul Jabarsysah.,P.hD |
| Periode 2013 – 2017 | : | Dr. Bambang Widigdo |
| Periode 2017 – Sekarang | : | Prof. Dr. Adri Patton, M.Si. |
