Dalam rangka menjalankan amanah sebagai tugas dan fungsinya, UBT menetapkan visi dan misi sebagai berikut :
Visi UBT, yakni :
“Menjadi Pusat Penyelenggaraan Pendidikan Tinggi Berbasis Riset Untuk Mendukung Pembangunan Dan Pengembangan Potensi Kawasan Perbatasan Dan Sumber Daya Laut Tropis Yang Berkelanjutan“
Sebagai upaya untuk mewujudkan visi tersebut. misi UBT adalah :