Dalam rangka percepatan peningkatan daya saing bagsa diperlukan sumber daya manusia yang memiliki kompetensi dan kualifikasi akademik yang handal dan relevan dengan kebutuhan pembangunan bangsa. Untuk itu Universitas Borneo Tarakan meningkatkan layanan kepada masyarakat khususnya diwilayah perbatasan, dengan menyelenggarakan pendidikan tinggi jenjang Magister.