Sub unit pelayanan akademik berfokus pada layanan akademik, kerjasama, dan hubungan masyarakat di lingkungan Universitas Borneo Tarakan. Dalam melaksanakan tugasnya sub unit pelayanan akademik, terbagi atas :
-
- Sub bagian Akademik dan evaluasi
Sub bagian Akademik dan evaluasi mempunyai tugas melakukan layanan dan evaluasi pelaksanaan Pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat serta pengelolaan sarana akademik.
- Sub bagian registrasi dan statistic akademik
Sub bagian registrasi dan statistic akademik mempunyai tugas melakukan administrasi penerimaan mahasiswa baru, registrasi mahasiswa, pengolahan data dan penyusunan statistic akademik.
- Sub bagian kerja sama dan hubungan masyarakat
Sub bagian kerja sama dan hubungan masyarakat mempunyai tugas melakukan penyusunan bahan koordinasi dan pelaksanaan administrasi kerja sama, serta urusan hubungan masyarakat.