Mengusung visi sebagai fakultas berbasis Agrotechnopreneurship yang unggul, Fakultas Pertanian Universitas Borneo Tarakan (UBT) berfokus pada pengembangan riset dan pengelolaan sumber daya pertanian berkelanjutan, khususnya di kawasan perbatasan. Saat ini, Fakultas Pertanian menaungi tiga program studi yang dirancang untuk mengasah keahlian spesifik mahasiswa, yaitu S1 Agroteknologi, S1 Agribisnis, dan S2 Ilmu Pertanian.
Melalui pendekatan ilmu budidaya modern, smart farming, hingga manajemen bisnis dan rantai pasok komoditas pertanian berbasis ekonomi digital, fakultas ini mencetak lulusan berdaya saing tinggi. Prospek karier alumni sangat luas dan strategis, meliputi wirausahawan agribisnis (agropreneur), manajer perkebunan, analis pasar komoditas, konsultan pertanian, pengawas mutu (QC), penyuluh pertanian, hingga tenaga ahli dan peneliti di instansi pemerintah, BUMN, serta lembaga swadaya masyarakat.